Marmalade Boy kể về cô nữ sinh Miki Koishikawa. Một ngày, cha mẹ cô bất ngờ quyết định… đổi vợ chồng với một cặp bạn thân sau chuyến du lịch. Hai gia đình sau đó sống chung một nhà. Tại đây, Miki gặp Yuu Matsuura, con trai của cặp vợ chồng kia. Ban đầu hai người khá khó chịu với tình huống kỳ lạ này, nhưng dần dần nảy sinh tình cảm