Vua Trò Chơi I – Yu-Gi-Oh! (Phần Trò Chơi Bóng Tối)
Phần đầu kể về Yugi Mutou, một học sinh nhút nhát vô tình giải được Millennium Puzzle, từ đó đánh thức linh hồn cổ đại mang danh Vua Trò Chơi. Khi Yugi hoặc bạn bè bị đe dọa, nhân cách này xuất hiện để trừng phạt kẻ xấu thông qua những trò chơi bóng tối như cờ bạc, trí tuệ, tâm lý hay sinh tử, nơi kẻ thua phải trả giá bằng nỗi sợ hãi, tổn thương tinh thần hoặc mất mát nghiêm trọng. Phần này mang màu sắc đen tối, siêu nhiên và đạo đức báo ứng, khác hẳn hình ảnh đấu bài quen thuộc về sau.
Vua Trò Chơi II – Duel Monsters
Câu chuyện chuyển trọng tâm sang trò chơi bài Duel Monsters, nơi Yugi và linh hồn cổ đại Atem tham gia các trận đấu chiến thuật căng thẳng với những đối thủ mạnh như Kaiba, Pegasus và các tổ chức ngầm. Qua những giải đấu lớn, thế giới bài ma thuật được mở rộng với luật chơi, quái thú, chiến thuật và âm mưu liên quan đến Bảo Vật Ngàn Năm. Phần này đề cao tình bạn, ý chí và chiến lược, là phần nổi tiếng nhất và định hình toàn bộ thương hiệu Yu-Gi-Oh
Vua Trò Chơi III – Millennium World (Thế Giới Ngàn Năm)
Phần cuối đưa câu chuyện quay về Ai Cập cổ đại, nơi Yugi và bạn bè bước vào quá khứ để khám phá thân phận thật sự của Atem. Tại đây, nguồn gốc của Trò Chơi Bóng Tối, các Bảo Vật Ngàn Năm và cuộc chiến với thế lực hắc ám được hé lộ. Phần này mang màu sắc thần thoại – lịch sử – bi tráng, khép lại hành trình của Atem bằng sự hi sinh và chia ly đầy cảm xúc, hoàn tất vòng tròn định mệnh của toàn bộ series.