Black Cat của Yabuki Kentaro xoay quanh Train Heartnet, sát thủ huyền thoại số XIII của tổ chức ngầm Chronos với biệt danh "Mèo Đen". Cuộc sống u tối của Train hoàn toàn thay đổi sau khi anh gặp gỡ Saya Minatsuki, một thợ săn tiền thưởng (Sweeper) tự do và yêu đời, người đã cảm hóa anh buông bỏ súng đạn để tìm kiếm tự do. Tuy nhiên, sự biến chuyển này khiến Creed Diskenth—một cộng sự cuồng tín ám ảnh bởi Train—tức giận và ra tay sát hại Saya nhằm đưa Train trở lại con đường cũ. Hai năm sau bi kịch, Train tái xuất với tư cách là một Sweeper vô tư, lập nhóm cùng Sven Vollfied (người sở hữu con mắt tiên tri) và Eve (cô bé nhân tạo mang công nghệ nano) để hành hiệp trượng nghĩa. Cao trào của câu chuyện diễn ra khi Creed thành lập tổ chức khủng bố "Apostles of the Stars", sử dụng năng lực tâm linh và công nghệ nano nhằm lật đổ thế giới. Để ngăn chặn thảm họa, nhóm của Train phải liên minh với các lực lượng khác để tiêu diệt phe phản diện; cuối cùng, Train đánh bại Creed bằng tuyệt chiêu Railgun nhưng lựa chọn buông bỏ hận thù, để hắn sống và tiếp tục hành trình tự do của một chú mèo hoang.