Bộ truyện lấy bối cảnh Nhật Bản thời Chiến Quốc (Sengoku), xoay quanh cuộc sống đầy rắc rối và vui nhộn tại Học viện Ninja (Ninjutsu Gakuen). Nhân vật chính là cậu bé Rantaro, xuất thân từ một gia đình ninja nông dân nghèo. Cha mẹ gửi cậu vào trường với hy vọng cậu sẽ trở thành một ninja kiệt xuất để đổi đời