Năm 2999 – sau nhiều thế kỷ, loài người đã mở rộng ra vũ trụ, xây dựng căn cứ ở các hành tinh xa xôi.Tuy nhiên, một thế lực bí ẩn mang tên Đế quốc Gedora (Imperial Alliance / Gelma Empire) bắt đầu tấn công các thuộc địa của Trái Đất để tìm một sinh vật huyền thoại tên F-01 — được tiên tri là “đứa trẻ có sức mạnh cứu hoặc hủy diệt vũ trụ”