Truyện xoay quanh Netto Hikari, một cậu bé sống trong thời đại Internet phát triển cao. Đồng hành cùng cậu là Rockman.EXE, một NetNavi (chương trình trí tuệ nhân tạo) tồn tại trong thế giới ảo. Khi các virus máy tính, hacker và tổ chức tội phạm mạng gây nguy hiểm cho cả mạng lưới lẫn đời sống con người, Netto và Rockman.EXE buộc phải chiến đấu trong không gian mạng, bảo vệ Internet và thế giới thực. Truyện kết hợp hành động công nghệ tình bạn phiêu lưu, đúng tinh thần thiếu niên