Công Chúa Nhân Ngư Aqua kể về câu chuyện ly kỳ và huyền bí xoay quanh cô bé Ogura Masana, một nàng công chúa nhỏ đi lạc đang bị truy sát bởi người thứ phi độc ác vừa lên ngôi hoàng hậu. Nhân vật chính Masana (tâm hồn ngây thơ, trong sáng) gặp gỡ Etou Akira, một chàng trai bí ẩn mới chuyển đến từ Tokyo, người sở hữu thế lực bóng tối và sức mạnh siêu nhiên của một thế giới bí mật.
Akira luôn tìm cách che chở và bảo vệ cô công chúa lưu lạc Masana khỏi sự truy sát của thế lực tà ác